El puerto de Sanitja ha sido utilizado por embarcaciones desde la época romana. Así lo demuestra la gran cantidad de restos arqueológicos encontrados tanto en la zona marina como en la zona terrestre, que revelan que antiguamente también hubo asentamientos humanos en este enclave ubicado en la punta septentrional de Menorca.
El puerto se sitúa, de hecho, junto al yacimiento de Sanicera o Sanisera, una de las ciudades romanas que se establecieron en la Isla aprovechando uno de los refugios más seguros de la costa norte. Su nombre aparece por primera vez en el siglo I d.C., en la obra «Naturalis Historia» atribuida a Plinio el Viejo.
Varias intervenciones arqueológicas realizadas en la década de los 80 permitieron descubrir ánforas y cuatro anclas romanas en el fondo marino del puerto, entre otros restos que confirman la teoría de que en esta zona existió un asentamiento permanente que utilizaba embarcaciones en la bahía.
El uso del puerto de Sanitja más actual se remonta a los años 70. Poco a poco empezaron a construirse de forma artesanal instalaciones en función de las necesidades de amarre. Hasta ahora, este singular puerto era utilizado como puerto de abrigo para pequeñas embarcaciones, la mayoría de vecinos de Es Mercadal. En 2002 constituyeron la asociación de usuarios del puerto de Sanitja para regularizar dichas instalaciones.