El organigrama del Govern Prohens incluye la creación de la nueva Conselleria del Mar y del Ciclo del Agua, que prevé, entre otras materias, la gestión de Costas y Litoral, transferida de forma parcial por el Gobierno central el 1 de julio a la Comunitat Autònoma. Al mismo tiempo, desaparecen las consellerias específicas Medio Ambiente, que ha sido asignada a Agricultura, Pesca y Medio Natural; y Fondos Europeos, que se integra en la Conselleria de Economía, Hacienda e Integración. También desaparece la Dirección General de Política Lingüística, cuyas funciones desarrollará la Conselleria de Educación a través de la Dirección General de Planificación, Ordenación e Infraestructuras Educativas.
Estos cambios que introduce Prohens no pueden significar la renuncia a la gestión, ejecución y aplicación de todas las competencias transferidas al Govern de la Comunidad Autónoma. Entre otras cuestiones ha de reivindicar una mejor financiación y dotar de contenido al nuevo Régimen Especial. El Estado de las Autonomías asigna servicios y funciones al Govern. Los ciudadanos reclamarán respuestas a nuevas direcciones generales como las de Salud Mental; Economía Circular, Transición Energética y Cambio Climático; y Harmonización Urbanística. El gran reto de Prohens consiste en ejercer y desarrollar todas las competencias con eficacia, rigor y agilidad.