La Comisión de Venecia no ve conflicto en la separación de poderes con la Ley de Amnistía si son los jueces quienes ordenan las medidas que beneficiarán a los amparados por la ley. Sin embargo, considera que la norma se debería haber aprobado por una mayoría cualificada, más amplia a la absoluta y critica el procedimiento de urgencia que ha seguido la ley. Así indican que las amnistías se deben adoptar con una amplia mayoría cualificada en tanto que pueden tener efectos «muy divisivos» en la sociedad. En un resumen de su informe, este organismo que forma parte del Consejo de Europa, no entra a valorar si la ley es o no constitucional y señala que es una decisión que debe tomar el Tribunal Constitucional. Tampoco se pronuncia sobre si la norma es compatible con el derecho de la Unión Europea, y lo deja en manos del Tribunal Justicia de la UE (TJUE). La Comisión de Venecia también pide acotar de manera más precisa el ámbito «temporal y material» de aplicación de la amnistía para hacer más «predecibles» sus efectos. Respecto a los delitos de malversación y corrupción, también señala que se debe asegurar un vínculo causal más cercano entre los actos constitutivos de estos delitos y las consultas del 9 de noviembre de 2014 y la del 1 de octubre de 2017 y sus actos de preparación. Asimismo, sobre el terrorismo señala que las amnistías solo son compatibles con los estándares internacionales si las violaciones graves de los derechos humanos quedan excluidas del ámbito de aplicación de la ley.
División en la sociedad
En la misma línea advierten que el procedimiento legislativo de urgencia «no es apropiado para las leyes de amnistía» dadas las consecuencias «controvertidas y de amplio alcance» que conllevan. Este tipo de normas, por tanto, deben estar inspiradas por la inclusividad, la participación y deben someterse el debate público durante un periodo de tiempo adecuado. Señalan además que las amnistías generalmente vienen motivadas por razones de reconciliación política y social. Sin embargo, advierte de que estos objetivos «legítimos» requieren métodos coherentes, para que «no se frustre» su propósito. La Comisión de Venecia también indica en su informe que la Ley de Amnistía "ha intensificado una profunda y virulenta división en la clase política, las instituciones, la judicatura, la academia y la sociedad española.
El procedimiento limita la consulta pública
Por tanto anima a las autoridades y a las fuerzas políticas a tomarse el tiempo necesario para el dialogo y la cooperación leal entre instituciones y entre la mayoría gubernamental y la oposición con el objetivo de lograr «una reconciliación social y política». En ese sentido apuntan que la Ley de Amnistía se presentó como una proposición de ley, un procedimiento que limita la consulta pública a los interesados y a las instituciones del Estado y se ha seguido un procedimiento de urgencia. Respecto a la independencia judicial y la separación de poderes, señalan que las amnistías tienen el efecto de anular o prevenir decisiones y procedimientos judiciales. Por tanto para ser consecuente con estos principios los jueces deben ser los encargados de decidir si cada individuo cumple los criterios determinados por el Parlamento para estar incluidos en la amnistía.
Las comisiones de investigación no deben llamar a los jueces
La Comisión de Venecia recomienda además que las comisiones de investigación pactadas entre el PSOE y los independentistas en el Congreso de los Diputados no llamen a comparecer a jueces y recuerdan que este tipo de comisiones parlamentarias deben dedicarse al escrutinio del Poder Ejecutivo. De este modo recomienda que esas comisiones no deben recibir el mandato de citar ni siquiera invitar a jueces a comparecer, en especial para dar explicaciones de sus casos. En este sentido recuerdan que el propósito de este tipo de comisiones de investigación parlamentaria suele ser supervisar y escrutar el trabajo del Gobierno. A este respecto, el ministro de Presidencia, Justicia y Relaciones con las Cortes ya aseguró que el PSOE impedirá que jueces y magistrados acudan a comparecer para dar cuenta de lo que han conocido en el ejercicio de las causas que están juzgando. Bolaños hizo esta advertencia después de que ERC presentara su lista de comparecientes a la comisión de investigación sobre la 'Operación Cataluña', que investiga el espionaje a líderes independentistas en la que pide que acudan el magistrado de la Audiencia Nacional que instruye el caso de 'Tsunami Democràtic', Manuel García Castellón y otros integrantes de la judicatura.