El precio del agua desalada en Ciutadella es el más caro de Balears. Los 1,19 euros el metro cúbico fijados en el nuevo convenio están sensiblemente por encima de los 0,414 en temporada baja y entre 0,56 y 0,84 euros en verano que pagan los municipios de Eivissa por el agua procedente de las desaladoras de Vila, Santa Eulària y Sant Antoni.
También en Mallorca el precio del agua desalada que se sirve a 13 municipios de la Isla vecina es más bajo que el de Ciutadella. Abaqua ha ofrecido ahora unificar las tarifas de las desaladoras de Palma, Andratx y Alcúdia a toda Mallorca y ha elevado de 1,45 a 1,90 euros el precio del metro cúbico de agua desalada destinado al riego de campos de golf.
A diferencia de las restantes islas, en Menorca se ha descartado la interconexión de la desaladora de Ciutadella con la zona del Llevant de la Isla por su elevado coste, superior a los 50 millones de euros. Por contra, el conseller Juan Manuel Lafuente no renuncia a la posibilidad de que, en un caso extremo, si las medidas de infiltración y descanso de los acuíferos no son suficientes, sea necesario construir también una planta en Maó.