La Fiscalía Europea funciona desde hace dos años. Es un organismo común para 22 de los 27 estados de la UE y se dedica a perseguir cualquier fraude que afecte a los presupuestos de la Unión. En el 'caso Koldo' se ha declarado competente dado que la compra se pagó con fondos Feder y los posibles delitos de malversación, tráfico de influencias y prevaricación afectarían a las arcas europeas. En cada país miembro tiene una delegación, con siete fiscales en la de Madrid. La plantilla está formada tanto por magistrados como por fiscales y su funcionamiento se parece poco al de la Fiscalía española.
La Fiscalía Europea funciona en realidad como un juzgado de instrucción que tramita toda la causa como ocurre en la mayoría de países miembros en los que la figura del juez instructor no existe. Una vez que asumen la competencia de la causa son los fiscales quienes deciden qué diligencias llevar a cabo y a qué personas investigar. También se ocupan de los interrogatorios y pueden movilizar cuentas corrientes y bloquear bienes. Para cada causa, la Fiscalía tiene asignado un magistrado de garantías, un juez de la Audiencia Nacional a quien acudir solo para solicitar medidas que supongan una injerencia en derechos fundamentales, como ingresos en prisión, pinchazos telefónicos o registros domiciliarios. Para esas medidas sí es necesaria una autorización judicial. Es también ese juez quien resuelve posibles recursos de las defensas, que están personadas ante la Fiscalía. La causa solo llega al órgano judicial competente para ser juzgada. Si la Fiscalía considera que existen indicios suficientes de delito pide de forma automática la apertura de juicio.
El año pasado, la Fiscalía Europea abrió 47 investigaciones en España, de las que la mayoría tenían que ver con fondos europeos. También investiga fraudes del IVA que afectan a más de un estado miembro.