Doce de los diecisiete captaciones de aguas subterráneas analizadas en el estudio sobre las aguas subterráneas de la Isla, impulsado por la Agencia Menorca Reserva de la Biosfera, presentan exceso de nitratos. Si a estas se añade que la mitad de los pozos analizados en el estudio encargado por el Ayuntamiento de Maó en 2018 también superaba el límite de los 50 miligramos por litro, el resultado es que la mayoría del agua analizada no es totalmente potable. Para que lo sea la directiva europea fija ese máximo de 50 mg/l de nitratos y hay pozos que con las muestras tomadas en junio de 2019 se alejan mucho de ese tope.
En Es Castell el pozo de Son Vilar 2 presenta una concentración de 93 mg/l y en Maó la captación realizada en Sant Climent se acerca a los doscientos, 199 mg/l, la más elevada del municipio junto con POIMA 3 que presenta 89,2 mg/l. Además el trabajo revela una excesiva concentración de nitratos en pozos de Ciutadella donde anteriormente no se habían dado niveles tan altos, como Ses Truqueries con 93 mg/l y Cala Morell 2, con 88 mg/litro. Destaca asimismo el exceso de nitratos en algunas zonas de Sant Lluís, con el pozo de Punta Prima norte a una concentración de 108 mg/l y de 71 miligramos en Camí de ses Vinyes 3.
El origen por isótopos, según este estudio, está mayoritariamente en los fertilizantes inorgánicos (químicos) y en algunos casos también mezclados y con influencia orgánica. La causa que más se repite es la contaminación difusa inorgánica por actividad agrícola intensiva o extensiva, en algunos casos reciente y en otros antigua.
La profesora Neus Otero advirtió que el suelo de la Isla tiene poca capacidad para la desnitrificación de forma natural y por lo tanto es muy vulnerable. Solucionar el problema de los nitratos es casi imposible, añadió el geólogo Agustí Rodríguez, pero «hay que intentar atenuarlo» y limitar la carga de fertilizantes.